Neben dem Vorstand ist der Stiftungsrat das zweite Stiftungsorgan der Stiftung Ecksberg. Der Stiftungsrat besteht aus mindestens 5 Mitgliedern, die von der Stiftungsaufsicht auf die Dauer von 5 Jahren bestellt werden.
Der amtierende Stiftungsrat setzt sich wie folgt zusammen:
V.l.n.r.: Herr Anton Karl, Herr Geistlicher Rat Pfarrer Roland Haimerl, Herr Rechtsanwalt Klaus Salzberger, Sr. Engelberta Strasser, Herr Manfred Seifinger
Der Vorsitz des Stiftungsrates wird von Herrn Geistlichen Rat Pfarrer Roland Haimerl wahrgenommen. Der Stiftungsrat kommt nach Bedarf, mindestens jedoch dreimal jährlich zu turnusmäßigen Sitzungen zusammen. Der Stiftungsrat entscheidet in allen grundsätzlichen Angelegenheiten und berät, unterstützt und überwacht den Vorstand bei seiner Tätigkeit.