Neben dem Vorstand ist der Stiftungsrat das zweite Stiftungsorgan der Stiftung Ecksberg. Der Stiftungsrat besteht aus mindestens 5 Mitgliedern, die von der Stiftungsaufsicht auf die Dauer von 5 Jahren bestellt werden.
Der Stiftungsrat kommt nach Bedarf, mindestens jedoch dreimal jährlich zu turnusmäßigen Sitzungen zusammen. Der Stiftungsrat entscheidet in allen grundsätzlichen Angelegenheiten und berät, unterstützt und überwacht den Vorstand bei seiner Tätigkeit.