Die Organe der Stiftung Ecksberg sind der Stiftungsrat und der Vorstand.
Der Stiftungsrat ist ehrenamtlich und besteht aus mindestens 5 Mitgliedern, die von der Stiftungsaufsicht auf die Dauer von 5 Jahren bestellt werden. Der Stiftungsrat setzt sich aus den folgenden Mitgliedern zusammen:
- Klaus Salzberger (seit 2007)
- Michael Mitterer (seit 2018)
- Annemarie Haslberger (seit 2018)
- Franz Eisenmann (seit 2023)
- Sebastian Heller (seit 2025)
Der Stiftungsrat kommt nach Bedarf, mindestens jedoch dreimal jährlich zu turnusmäßigen Sitzungen zusammen. Der Stiftungsrat entscheidet in allen grundsätzlichen Angelegenheiten und berät, unterstützt und überwacht den Vorstand bei seiner Tätigkeit.
Der Vorstand ist hauptamtlich tätig. Er besteht aus zwei Mitgliedern. Die beiden Vorstandsmitglieder haben in der Leitung getrennte Schwerpunkte.
