Die Landwirtschaft wurde im Jahr 1991 auf biologisch-organischen Anbau umgestellt. Seither werden hauptsächlich Getreide (sämtliche Speisegetreide wie Roggen, Dinkel, Hafer, Gerste und Weizen) und Kartoffeln angebaut. Außerdem wird Saatgutvermehrung für Leguminosen (Ackerbohnen und Erbsen) betrieben.

Das erzeugte Biogetreide wird an die Primavera-Mühle in Mühldorf verkauft, die Kartoffeln über die Gärtnerei der Stiftung Ecksberg direkt an den Endverbraucher.

Zusätzlich werden rd. 54 Hektar Stiftungswald bewirtschaftet. Der Wald ist in erster Linie Nutzwald. Jährlich werden ca. 100 Ster Brennholz entnommen, die direkt an Endverbraucher verkauft werden sowie ca. 200 Festmeter Sägeholz, die an ein Sägewerk geliefert werden.

Die Stiftung Ecksberg ist Mitglied in der Jagdpächtervereinigung.

Nach Aufgabe der Rinder- und Schweinehaltung werden seit Anfang der 90er Jahre ein Großteil der früheren Stallungen für die Pferdepension genutzt. Im Rahmen der Pferdpension werden auch eine Reihe von Pferden gehalten und versorgt, die in der Reittherapie von Menschen mit Behinderung eingesetzt werden.

Der land- und forstwirtschaftliche Betrieb wird in der Hauptsache von einem Landwirtschaftsmeister und einem landwirtschaftlichen Gehilfen geführt. Die Stiftung Ecksberg hat die Land- und Forstwirtschaft derzeit nicht als Arbeitsbereich für Menschen mit Behinderungen oder psychischen Erkrankungen konzipiert. Ein Austausch mit anderen Einrichtungen, die Erfahrungen mit dem Einsatz von Menschen mit Behinderung in der Land- und Forstwirtschaft haben und dies konzeptionell weiter verfolgen, ist grundsätzlich erwünscht.